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他指出，後醫系不像傳統醫學系有前2年進行基本科學、通識教育等，學生一入學就進到基礎醫學，課程第一年就會碰上解剖學，需要有適當的解剖教室、大體老師，以及解剖學、生理學、微生物學、藥理學等教師，再加上大體老師難尋、解剖學教師在國內也相當缺乏，後醫系一旦招生，所有設備、師資就必須馬上到位、面臨有無足夠師資的困難，這對新設醫學系用後醫系方式籌設來說，是最大的挑戰。
另外，後醫系學生第3年、第4年，就開始進入臨床去實習，這3間學校都沒有自己的附設醫院，而是與其他大型醫院或醫學中心合作，學系恐喪失教學主控權，無法安排學生做學系想要的臨床實習，且這些實習單位可能也會接收其他學校的學生，很難根據每校需求，量身定做一套新的實習模式，而是以醫院為主導地位、醫院的方便性來安排實習，實習品質也不易控管。
清大、興大和中山以公費生名額爭取設立後醫系，設立目的都希望結合校內的理工、人文、社會等教學與研究資源，培育跨域專長的醫療人才。張上淳認為，公費生與培育跨域人才有衝突、矛盾之處，公費醫學生設立目的是希望學生畢業後，能到醫療資源缺乏、偏鄉離島地區服務，且有服務期限，並期待服務期滿繼續留在當地照顧民眾，這與跨域醫療人才，如醫學科學家、醫學工程師、智慧醫療、AI開發的跨域專業人才不太一樣，因為跨域人才到偏鄉後難以延續研究能量。
早在40年前就有台大、陽明、成功、長庚和高醫5所學校，仿照美國制度相繼開設後醫系，但在5年內陸續停招，僅剩高雄醫學大學後醫系延續至今。
張上淳指出，後醫系理想上是像美國系統，學生先讀完大學學士、比較確定人生方向後，再來決定是否要進入醫學系，成為跨域人才，但實施後沒那麼理想，後醫系學生素質不如傳統醫學系學生，且常招收到一批認為醫科出路較佳，但志向不見得明確的學生，凸顯後醫系發展有其限制。
至於醫學系總招生名額涉及醫師總量管制，每年上限約1300人，但跨域學習與人才卻是當前趨勢，該如何解套？
張上淳認為，很多學校在6年制傳統醫學系當中，讓學生有很多的修輔系、雙主修機會，跨域進行相關學習，像台大未規畫成立後醫系，但多年來鼓勵醫學生透過雙主修、輔系來拓展視野，也確實有學生修習物理等系。
他說，後醫系讓學生在大學畢業後進入醫學系，擁有雙專長，也是一個想法，但會否成功需視學生心態而定，若結合公費生制度則有矛盾之處；陽明交大將原有醫學系自費生名額，挪出部分增設後醫系，具創新思維，但最後能否成功，仍待後續觀察。
