經濟部說明，工業局6月時已發布新聞稿指出，雲科工大北勢區廢棄物處理場環保用地是以「循環經濟」及「轉廢為能」方式，納入工業區廠商聯合總會及雲林科技工業區廠協會建議，參考丹麥的垃圾處理模式，規劃設置固體再生燃料，也就是所謂的SRF技術，是廢棄物經過分選，破碎及均質化程序，轉換成再生燃料的過程。
經濟部說，即使多次說明，縣府對於工業區環評書件內容仍有誤解，推動地方產業發展，中央地方本應攜手合作，雲林有產業園區開發需求時，經濟部全力協助，但當工業區廠商面臨廢棄物處理問題時，縣府卻表示雲科工「廢棄物處理方式屬經濟部工業局權責」，甚至還明確表示不支持。
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同時，經濟部也強調，斗六市公所直指SRF就是焚化爐，顯示對於SRF的嚴重誤解，因此進一步澄清，SRF並非焚化爐，兩者並不同，期盼斗六市公所可以回歸理性討論，避免繼續誤導民眾，產生不必要的誤會。
經濟部解釋，地方經濟、產業要發展，要繼續擴大招商，相應的必須要擔負事業廢棄物處理的責任，才能兼顧產業發展與環境永續，未來，地方政府是否能處理事業廢棄物責任，相關補助案件將列為評估項目，也將持續進行地方溝通，希望追求地方發展、產業、環境的三贏。
