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另外，各水資源局及水庫管理單位也迅速檢視水庫運轉均為正常，水利署署長賴建信已要求對於震度4級以上水庫及滿庫水庫應即啟動特別檢查，對於震度較大有風險或危害度較高堤段啟動非破壞性監測，堤防損壞輕微者一週內完成搶修險。
水利署表示，從17日晚上9時41分台東關山發生芮氏規模6.4地震後，隨即依照標準作業程序，對於震度大於四級地區的水庫，以及震度大於五級地區河堤或護岸、海堤地震啟動查報機制，各河川局的防汛護水志工也積極協助巡查及通報，提供即時災情迅速進行應變處理。
至於堤坊與各橋梁銜接界面、水門啟閉功能、河道有否隆起、倒坍橋面是否影響通洪等，也都詳細檢視查核，並即刻啟動復建，相關備用電源及油料均檢查補充與相關搶修險廠商也保持密前聯絡，以備不時之需，由於時值汛期，仍需防汛安全為先，避免二次災害發生。
水利署也呼籲民眾，近期請注意可能發生餘震，並注意自身安全，尤其要注意山區邊坡土石鬆動的危害。
