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健保部分負擔原定5月15日起調整，預計可挹注99.9億元健保收入，年底安全準備金將達1.32個月，不過考量當時本土疫情升溫，衛福部表示，為讓醫療院所專注防疫，避免加重負擔，因此暫緩實施。
薛瑞元24日在立院接受質詢時曾表示，現在疫情已經逐漸趨緩，往好的方向走，但經濟能否強力反彈仍待觀察，公告部分負擔新制到實施約需要一個月的時間，因此預計明年第一季上路，詳細時間還無法確認。
不過九合一大選結果出爐，民進黨慘輸，嘉義以北版圖全失守，外界也擔心部分負擔上路時程生變。對此，今薛瑞元出席健保署「健保醫療資訊雲端查詢系統標竿學習分享會」，會前接受媒體聯訪時說明，正式上路時間需要再觀察，原既定政策應該會在上半年開始，「當然如果有其他考量，可能是不是時間還要再延，我目前也不方便講的很確定」。
薛瑞元進一步指出，觀察有兩大方向，一方面是疫情，一方面是經濟復甦情形，就疫情來說大概比較沒有懸念，大家已經可以預期過個好年，疫情很快就走到隧道盡頭，但經濟復甦能否讓一般民生活動恢復正常還要觀察，「往好的方向走是可以期待的」。
針對部分負擔上路時間一延再延考量是否是為選舉，薛瑞元解釋，考量的還是對民生衝擊，因為對民眾來說，部分負擔調整雖然對於弱勢有特別保護措施，但對一般民眾來講，的確可能造成在就醫的時候會有負擔稍微提高，所以要考量對一般民眾，以現在經濟狀況，是否承擔得起，包含物價還在波動當中，整體考量是必要的。
被問及是否可解讀為部分負擔新制從明年第一季延後到6月上路，薛則回應「不敢這樣講，原則上預定會在第一季，是否經濟復甦力道不足，就有延後可能，但還是要看實際上的發展」。
