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因應海洋隨時都在變化的特殊環境，在水中執行水下搜索及水下工具組合使用的能力，對每位水下作業大隊的成員就顯得格外重要，例行性的在軍港及營區內的深水泳池訓練，是他們的家常便飯，訓練過程中，隊員戴上潛水頭盔和頭戴式水下攝影系統，操作水中推進器及水中作業器材，岸上的人則操作潛水控制箱，進行水中排除障礙物的訓練，強化專業技能及緊急應變能量。
海軍水下作業大隊表示，「水械專長班」的訓練，需具備國軍三項基本體能達85分以上、1000公尺蛙式游泳27分鐘內完成、潛泳達30公尺以上及完成各階段水下技能成績，例如基礎空氣水肺潛水、水面供氣潛水及濕櫃模擬潛深190英呎等鑑測後，始具備水下作業基礎能力。
水下作業大隊於民國48年11月1日由原救難任務編組，擴編為海軍救難大隊，隸屬142艦隊；民國52年10月合併清港隊，下轄4個作業隊，67年5月精簡為3個作業隊及救難人員訓練班，94年1月1日併編爆破大隊「水中械彈處理中隊」，同年7月1日更名為「海軍水下作業大隊」，改隸屬192艦隊。
