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針對金門二膽島26歲陳姓上兵失聯一案，陳玉珍質詢表示，現在兩岸官方溝通窗口？目前確認窗口在哪？邱太三答詢說，過去有多項協議，不管過去文書認證、郵件送達與馬政府23項協議，基本上都有聯繫機制。
邱太三表示，相關單位都有聯繫機制，不管是海巡署、警政署或海基會都有。他強調，有些東西對岸調查還沒完成，若調查完成就會有後續消息，但目前還沒接到。
陳玉珍追問，海運協議第7點當中，提及雙方有聯繫窗口，是哪一個窗口？邱太三回應，海運協議由交通部航港局來簽，但此案是游泳過去，所謂海上遇難是指坐船舶發生，「這是穿救生衣要游過去，怎麼會用這樣的機制？」
聞此，陳玉珍詢問，已確定該士兵是穿救生衣過去？邱太三表示，這是國防部初步調查，雖不確定但尊重國防部內部調查、判斷。邱太三也質疑陳玉珍，會不會過度擴張？尊重國防部調查，但資料還沒給陸委會，也不曉得調查結果。
此外，談及兩岸搜救管道，海巡署副署長張忠龍指出，我方救難方法以禁限制水域為原則；交通部次長祁文中表示，國際海事組織有海難急難救助，窗口就是海運小兩會，並制定中華搜救協會，若發生海難需就近、就便救助會去通知，但該案並無透過中華搜救協會。
邱太三補充說，若發生緊急事件，海巡署本身有SOP可緊急處理，至於後續會按照程序來處。他強調，按照過去協議機制，海巡署會自己先處理，並於之後通報陸委會；過去已發生很多案例，大家都有處理基本模式，不需特別去查。
陳玉珍還舉例詢問，若一個百姓半夜落海，必須要打給誰求援？邱太三依舊回應，按照SOP機制處理，若狀況不明的話，怎麼通報他？一定是處理到一段時間，才會通報給陸委會，「但處理當下不用問陸委會，我們又不會比他們專業。」
邱太三也說明，此事第一處理單位是國防部與海巡署，需處理法律上的定性為何，必須等對岸處理到一階段，我方才能做後續處理。他強調，不管是逃兵或叛逃，「我怎麼會知道，當然是國防部要先調查，沒給我報告我要怎麼回答」，雙方都在持續調查了解中。
此外，邱太三提到，昨已請海基會與對岸發文聯繫，所有單位包括國防部、海巡署、陸委會與海基會都各自分線進行當中。 陳玉珍再問，何時能讓家屬心安？邱太三回應，希望陸方盡速完成其程序，他們也還在查證確認當中。
不過，陳玉珍仍痛批邱太三，不斷迴避問題。而邱則否認說，「我沒有迴避問題啊，所有現實狀況我都坦白講，只是你自己要過度推論」，講調查當中又說調查結果，但他從來都沒講到調查結果，也確實他並不知道。
