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另針對雞糞處理資源化，提升畜牧廢棄物再利用率及處理效能，可降低異味與疫病風險、改善農村整體環境，促進產業永續經營，未來3年農委會將投入共4.3億元。
台灣動物社會研究會研究員寸舫筑指出，農委會10.5億元的禽舍改建，補助項目仍包含格子籠（直立籠或A字架籠），其使用年限至少10年以上，完全無視全球廢除格子籠養的趨勢，等於帶頭鼓勵農民錯誤投資。
寸舫筑說明，雖然台灣人每天食用的雞蛋約有7至8成都來自格子籠飼養的雞隻，但格子籠禽舍落後破舊，完全沒有遮蔽，野鳥容易進入，格子籠飼養對環境負荷極大，雞糞清運前必須經過曝曬、發酵，造成附近惡臭與蚊蠅孳生，成為人人避之唯恐不及的鄰避設施，各種陳情抗議不斷。
寸舫筑進一步指出，產業飼養專業不足，嚴重剝削動物福利，現行格子籠在450平方公分、比一張A4紙更小的狹小鐵籠裡塞2至4隻蛋雞，母雞一輩子只能在籠內互相踩踏，連張開翅膀替自己啄掉寄生蟲的空間都沒有，只要缺蛋就強迫雞隻換羽，利用斷食加速母雞代謝，衝出另一個產蛋高峰，然而這可能釀成2至3成的死亡，且動物長期緊迫、身心不健康，導致免疫力低下，讓禽流感與各式疾病持續威脅，造成巨大痛苦與損失。
「雞越養越多，蛋卻依然不足！」寸舫筑解釋，台灣蛋不夠就會增養雞隻，但造成產能差，又會蛋不夠，形成惡性循環，與各國平均每隻蛋雞年產蛋數202顆相比，台灣一年僅190顆，台灣蛋雞與人口比為1.84:1，產蛋率52%，也就是平均要1.84隻雞才能供應1人所需的蛋，若與台灣GDP相近的國家比較，義大利為0.68:1，產蛋率82%、西班牙0.99:1，產蛋率79%，台灣蛋雞產能更是遠低於全球平均。
寸舫筑批評，若沒有動物福利、不降低飼養密度、不提升管理專業，面對禽流感與極端氣候等威脅，「遮蓋」禽舍也沒用，尤其「格子籠」已被國際淘汰，台灣卻仍當作升級方向，砸錢補助更是鼓勵農民錯誤投資，飼養系統不改，雞糞問題無法根治，4億公帑也是白白浪費。
研究會執行長朱增宏建議，特別預算「禽舍改建升級計畫」補助對象，應以農委會「雞蛋友善生產系統定義及指南」為依歸，建立各地蛋雞友善飼養示範場，且訂定10年升級計劃，檢討畜禽登記管理辦法等相關法規，移除畜牧業硬體升級的障礙，獎勵、補助、輔導蛋農全面轉型友善生產，並應修訂「畜牧場主要設施設置標準」，立刻禁止新增建「格子籠」飼養系統，並配合中長期升級計劃，逐步淘汰格子籠，和加強友善畜禽養殖科研與教育，導引青年投入，提升畜牧管理專業。
朱增宏解釋，10年升級計畫是讓產業能夠緩慢轉型，降低對產業的衝擊，政府也應依照指南建立示範場，「要用四兩撥千金，不是用千金撥四兩」。
