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不過，新北市政府以核安為由，不給室外乾貯啟用，台電改推動室內型乾貯，但整個過程也沒有比較順利。
台電主張，「核能一廠用過核燃料中期貯存計畫」的水土保持計畫，在送審後，新北市政府於2010年9月間核定並發給水土保持施工許可證。
後來，台電申辦該水保計畫第1次變更設計，經新北市府核定後，該計畫在2013年6月間完工，但新北市政府認為台電未依變更內容施作，台電因此函請經濟部向新北市府申請第2次變更設計，並依新北市府審查意見多次修正後，新北市府仍認定台電未依審查意見完成補正，四度不予核定。
台電兩度向農委會提出訴願，最後認為訴願決定無法滿足其行政救濟的目的而改提行政訴訟。
北高行認為，台電自2013年11月7日提出水保計畫第2次變更設計以來，已依新北市府要求13次補正資料，經反覆審查後，新北市府均不予核定，且每次理由都相同，即聚焦在乾華溪侵蝕區範圍、邊坡穩定、微型樁參數及地下水位調查等4個項目，但4個項目均在2010年間核定確定；況且，新北市府在訴訟中沒能具體說明還有哪些項目必須檢討，以供法院調查。
合議庭認為，台電的申請案符合法規標準，判決新北市府應作成准予核定的行政處分。
