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早上大約8時半，移靈車隊從翠山莊出發，李登輝的孫女李坤儀手捧骨灰罈、步出家門，移靈車隊接近9時半抵達。當李坤儀手捧骨灰罈入場時，全體人員起立致意。
蔡總統致詞表示，今天懷著肅穆的心情，一起來緬懷李登輝前總統。如同大家所熟悉的，李前總統是傑出的政治家，是農業專家，是哲學家，也是虔誠的基督徒。他一生累積的貢獻，造就了我們今天所生活的台灣。
蔡總統說，從年少開始，李前總統就一直在思考「人是什麼」、「人生應當如何」。青年的時候，他出國留學，想用農業經濟來改變故鄉。壯年的時期，他進入政府體制，進而有機會領導國家，在風起雲湧的民主化浪潮中，成就了台灣的寧靜革命。在12年總統任期內，李前總統為台灣的民主化、本土化奠定基礎。面對充滿挑戰的國際局勢，他也領導台灣人民，推動務實外交，讓台灣和民主畫上等號，躍上國際舞台，並因此而被推崇為「民主先生」。
蔡總統表示，在內政上，李前總統推動了軍隊國家化、促進了經濟自由化、發展高科技產業、實施全民健保。他為這塊土地所做的一切，為今日台灣的發展，打下了堅實的基礎。
蔡總統指出，「民之所欲，長在我心」，不僅是李前總統時時掛記的事，也早已是台灣人民對他共同的記憶。
蔡總統說，李前總統在卸任之後，依然關心國家的認同和永續發展。他在晚年仍不斷汲取新知，透過出訪、寫作和演講，一再探問：台灣的未來該往哪裡走？希望激勵台灣人共同奮鬥，「走出一條屬於台灣自己的道路」。
蔡總統表示，從少年時期的生死思考，到「我是不是我的我」的無私精神，李前總統的一生，跨越了台灣近百年歷史，也連結了台灣和世界，讓台灣綻放出燦爛的光芒。「我要代表台灣人民，向李前總統說一聲，謝謝您」。
蔡總統也說，在感念李前總統一生奉獻的同時，「我們更不能忘記，台灣的前途，正掌握在你我的手中」。我們有責任，要承接起李前總統的成就，要謹記「脫古改新」的理念，持續確立台灣的主體性，深化並發揚台灣的民主和自由。我們也有責任，在當前的變局中，確立未來的發展戰略，然後自信、勇敢地走向世界。我們更有責任，要盡一切可能，來實現「生為台灣人的幸福」，實現世世代代台灣人民的安居樂業。
最後，蔡總統表示，願李前總統的精神，長存台灣，長伴我們左右，指引我們的國家和人民，持續走在民主、自由、多元、開放的道路上，並為世界帶來貢獻。
在蔡總統致詞之後，進行治喪大員禮敬，由副總統賴清德率五院院長進行慰靈暨覆蓋國旗儀式。隨後，進行誦讀聖詩、祈禱、講道等教會追思儀式，在外國政要悼念之後，播放追思悼念影片。
稍後，進行移靈及啟靈儀式時，鳴放矧砲（矧，音同沈）21響，移靈車隊前往淡江中學進行最後巡禮，巡禮之後返回翠山莊。10月7日將安葬長眠於五指山國軍公墓特勳區。
前總統李登輝，弘粹潛朗，誠實自然。誕出慶門，奇志蘊蓄，卒業國立臺灣大學；先後負笈遊學日美，嗣獲康乃爾大學農經博士學位，濬瀹窮覽，胸羅錦繡。返國敷教上庠，迭任行政院政務委員、臺北市市長、臺灣省政府主席暨副總統等職，扎根文化藝術美學，廣造鄰里公園國宅；完善交通運輸系統，遂行翡翠水庫興建；培訓八萬農業大軍，謀求城鄉區域平衡，明目達聰，片言立決。尤於十二年總統任內，召開朝野國是會議，推進六次修憲鼎革；終止動員戡亂時期，力促國會改選、總統直選；廢除金馬戰地政務，加速省府組織改造；提陳國家定位論述，別闢務實外交蹊徑，燕昭築臺，厲精更始；因時制宜，海宇歸心，誠有「寧靜革命」美譽，爰享「民主先生」令名。復規度兩岸關係架構，揭示戒急用忍要旨；執持社區總體營造，置辦全民健康保險；殫籌經貿南向政策，協成產業轉型契機，訏謨遠猷，懋績孔彰。綜其生平，肇啟本土自由民主歷程發展，透現臺灣主體意識戰略布局，經天緯地，脫古改新；功烈遐福，史書千秋。遽聞鶴齡殂殞，軫懷愴悼，應予明令褒揚，以示政府崇禮殊勳之至意。
慰靈詞如下：
李故前總統登輝先生，畢生重寄迭膺，經綸丕展；海宇郅治，功在邦國。迺以國旗覆護，用昭遐緒，而表殊勛。謹告
