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財政部指出，有關推動自由經濟示範區的相關計畫，行政院在2016年11月核示終止推動，至於是否重啟設置自由經濟示範區？由於涉及產業政策的整體規畫，宜由相關產業主管機關就現階段重啟建置該等區域的必要性進行整體審慎評估。
財政部說，我國已設立自由貿易港區且相關法令規範及運作機制甚為完善，並提供租稅優惠及通關便捷措施，其中自國外運入港區內供營運貨物及自用機器設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅等相關稅費，且僅須向海關完成通報，貨物即可在港區內交易、流通。
同時，在貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業也可實施自主管理;課稅區貨物運入自由貿易港區視同出口，可申請減徵、免徵或退還相關稅費；港區事業貨物進出保稅區、課稅區，可申請以「按月彙報」方式辦理通關，降低報關及貨物處理費用；自由貿易港區免稅貨物、機器、設備輸往課稅區進行修理、檢驗、測試、加工，得免提供稅款擔保等通關便捷措施。
目前我國自由貿易港區分布地點包括基隆港、台北港、蘇澳港、台中港、安平港、高雄港等6海港，桃園航空一空港的自由貿易港區，其功能與自由經濟示範區具相似性，屬境內關外的經濟特區，實施至今相關法令規範已甚為完備。目前港區事業家數計有114家，2016年貿易值達新台幣7599億元，較2017年6928億元，增加671億元，成長率9.68%。
此外，財政部也與相關部會訂定研議相關租稅優惠，以促進人才、貨物及資金流動，其中「金流」部分，正研議海外回國資金提供特別租稅措施，將從洗錢與資恐防制、資金有效管理、租稅公平、經濟穩定與發展等面向，在合於國際規範前提下，審慎研議相關課稅事宜。
不過，財政部強調，鑑於近年國際組織對相關國家租稅優惠制度進行檢視，各國運用租稅工具的態度漸趨保守，財政部強調，我國提供的相關租稅優惠應符合國際檢視標準，以避免構成有害租稅慣例，而被國際組織列為稅務不合作名單，影響國家競爭力。
