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不過，蔡政府經濟紅利方案也引發各方質疑，主要是「稅收超徵」不等於有財政盈餘，超徵是政府收到的稅比編列預算所估計的要多，況且至2018年12月22日止，中央政府債務未償還餘額仍高達5兆3421億元，國人平均每人負擔債務22.7萬元，若再加計潛藏的債務，估超過16兆元。
此外，先前傳出可能採類似「負所得稅制」，更讓學者擔心我國所得稅制仍不健全，有許多所得是免稅如證所稅、期所稅等，加上地下經濟多，有錢人可能被當窮人提供補貼，而且一旦入稅制，可能遺禍萬年。也有人認為可透過加強查稅等方式去克服，不能因地下經濟問題就不做了，至少所得稅申報是有些基礎，即便資料可能不完整，但還有個依據。
總統蔡英文宣布時機點是否適當也受到質疑，主要是正值內閣改組之際，卻急著送紅包，更被認為若只因選舉輸掉，想用這方式來挽回民心，這是得不償失，尤其中央政府未償還債務仍達5.3兆元，這種急性走短線的政策，對財政健全幫助不大，甚至可能有害，建議從節流下手，檢討浪費及不重要的支出預算，在原社會救助下，擴大發放對象，進行追加預算，只是蔡政府是否聽得進去各方的聲音？還是得看最後定案的經濟紅利方案內容。
