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綜所稅網路申報方式多元，其中提供Windows作業系統使用者，除原本離線版報稅程式，申報軟體提供「自動版本更新」功能，申請用戶可透過網際網路連線下載並自動更新至最新版本。另一種方式則是今年報稅新增的Web線上版報稅系統，也下載報稅軟體，就能輕鬆完成報稅。
財政部北區國稅局說明，Web線上版申報方式與離線版相同，均可使用自然人憑證、已註冊的健保卡、電子憑證如金融憑證及查詢碼等方式登入，民眾可透過系統下載所得及扣除額資料，由系統計算各式應繳（退）稅額，並自動為報稅民眾選擇最有利的方式。
民眾如欲採用Web線上版，可至財政部電子申報繳稅服務網站（https://tax.nat.gov.tw）綜合所得稅的綜合所得稅電子結算申報繳稅開始報稅，點選web線上版圖示即可使用。
不過，國稅局也提醒，Web線上版操作閒置時間由以往的5分鐘調增為10分鐘，報稅民眾於登錄線上版操作畫面時，系統會出現警示訊息，提醒民眾未操作時間若超過10分鐘，系統將會自動登出，因七如欲長時間離開電腦時請記得按右上方存檔鈕先行存檔，避免遭系統自動登出後需重新登打申報資料。
此外，今年也持續提供Mac、Linux作業系統及Android與iOS智慧行動裝置使用者，可使用Web線上版報稅系統進行申報。
