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不過，行動支付也有缺點。根據資策會MIC調查顯示，國人考量是否使用行動支付的前五名因素之中，安全性因素（83.3％）排首位，其次為「有無優惠（49.5％）」、「是否普遍（48.1％）」、「是否穩定（40.3％）」與「是否好用（30.9％）」，顯見大家對於資安全的顧慮偏高，而使用有額外的優惠也是一大考量，普遍性與穩定度則是未來將會持續使用的重要因素。
通路使用範圍不夠廣泛、折扣優惠資訊不清楚、付款速度不夠快、合作綁約信用卡行，以及害怕網路訊號不佳，都是目前大家常遇見的行動支付缺點。另外，如果遇到手機沒有電，或是完全沒有網路訊號，行動支付就變成完全無用武之地。
▲各家通路可支持的各家行動支付業者不一，折扣優惠資訊不清楚，是目前台灣行動支付仍待提升的地方。（圖／記者劉士成攝）根據《NOWnews今日新聞》所作的網路問卷統計結果中，網友們認為會採行動支付的主原因是「方便省時（49.2%）」、「優惠回饋多（28.4%）」、「常用店開始支援（7.8%）」，以及安全性高與不想拿著一堆零錢。不過，也有高達54%的網友認為目前行動支付的使用通路不夠廣泛，他們認為無論是連鎖通路，或是自營獨立的店家，提供行動支付服務的商家還不夠全面。
▲有高達54%的網友認為目前行動支付的使用通路不夠廣泛。（圖／記者劉士成攝）此外，也有26.4%的網友對於行動支付折扣優惠總是搞不清楚，總是得到了結帳服務台後，才能自行確認商家有配合哪些行動支付方式，選擇哪家才最優惠。
行動支付結帳需要透過專屬的系統，掃描使用者的QRCODE或是條碼，使用時可能還會遇到自己手機網路訊號不穩、等待店家簽單，或是店家不能理解Samsung Pay的MST技術，造成付款速度不夠快的結果。
▲LINE Pay mini支援掃描QR code支付，包含「LINE Pay綁定信用卡」、「LINE Pay 一卡通帳戶」、「LINE Points點數」，以及「iPASS一卡通票卡」、「NFC感應支付」，整合各種支付工具。（圖／LINE提供）再者，合作綁約信用卡行還不夠普及，也是網友們對於目前行動支付業者較詬病的地方，不同家行動支付業者，所合作的銀行信用卡多不同，如果自己手中沒有限定的信用卡來對應某行動支付業者，就會選擇放棄。多數網友也認為，由於各家行動支付業者的App都是獨立的，為此要特別安裝對應不同行動支付業者的App，也是相當令人頭疼的地方。認為若能有整合各家行動支付交易的App，使用上才會便利。
▲現在很多辦公大樓或商場，都提供能用行動支付交易的販賣機，多了現金交易以外的選擇。（圖／記者劉士成攝）