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教育部長潘文忠表示，該草案中將若干辦法做調整，主要朝向兩大方向，希望校長遴選更為專業，之後將成立專案小組協助遴選程序辦理、人事認定、讓相關辦理更為透明，化解過去應迴避而未迴避等爭議程序。
潘文忠也指出，過往諸多爭議多來自校內疑慮，草案中規定若發生長期爭議且影響校務、損及學生受教權，校務會議將可針對遴委會提出討論機制，但此舉也在於遴委會本經由校務會議選定，故是站在大學自主前提下擬定。
現行大學校長一屆為四年，若續任只需經過校務會議確認無須動用到遴委會，代表現行遴選制度中，若遴選委員擔任兩屆已長達16年之久。本次草案中限定單一學校遴選委員只得擔任一次，希望遴選委員名額不被少數人長久把持，而是能開放更多社會賢達人士參與。
潘文忠也表示，該草案還處於預告階段，之後會再整理、參照各界意見，建立透明程序和制度。整體而言，從遴委會組成、爭議事項解決都是回歸大學自主，不會由教育部處理，希望大學端克盡職責。
