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應變小組稱，當6月8日苗栗飛牛牧場發生國內發生第一起秋行軍蟲通報確診案例後，依據緊急防治作業手冊，管制區須採取緊急防疫措施，並加掛性費洛蒙誘蟲器加強監測防治情形，迄今全國已設置高達700多處秋行軍蟲性費洛蒙監測點，尤其對於金門高粱秋行軍蟲疫情提供預警效能，當疫情發生初期，可及時採取施藥措施，避免大規模災情蔓延。
應變小組表示，除設置性費洛蒙進行大面積成蟲誘集外，目視巡查仍為防治秋行軍蟲最主要方法；近期國內第二期作雜糧陸續栽種，自7月底起，各地方政府持續針對轄內秋行軍蟲高風險寄主作物產區執行目視巡查工作。
應變小組指出，在巡查包括玉米、高粱、生食甘蔗、盤固拉草、狼尾草、甘藷、落花生、大豆、毛豆等作物時，除玉米及高粱作物外，均尚未發現秋行軍蟲；其中，本期作新植食用玉米通報秋行軍蟲發生率僅約6％，管理較為粗放的大面積栽植硬質玉米則仍未發現受害，顯示本島疫情趨緩，巡視工作將持續至作物採收為止。
應變小組另說明，目前國內仍在秋行軍蟲緊急防疫第二階段，須視國內秋行軍蟲疫情發展、緊急防治藥劑之藥效試驗完成及提供農民整合性管理措施（IPM）後，才會宣布進入第三階段，改由農民自主管理。
應變小組強調，目前玉米及高粱秋行軍蟲整合性管理策略已擬定，玉米秋行軍蟲緊急防治藥劑的藥效試驗仍在進行中，高粱藥效試驗則分別在5日與12日於金門疫區完成二次施藥試驗及防治率調查，結果顯示正確使用10種緊急公告防治藥劑，秋行軍蟲死亡率均可達7成以上，早期防治效果最好。
為有效防治國內秋行軍蟲疫情，重點在於農民落實自主田間巡查，防檢局已完成宣導教材編製，將透過宣導講習，教導農民秋行軍蟲之辨識、通報及田間管理，該局並已規劃於國內秋行軍蟲高風險寄主作物產區鄉鎮陸續辦理教育訓練。
另外，根據農委會防檢局統計，全國各縣市截至18日止，除嘉義市外，均有秋行軍蟲通報確定案件計227件（870.88公頃），成蟲確定案例176件；目前已完成銷毀81件（21.79公頃），藥劑防治145件（848.89公頃），其中金門藥劑防治案例即達15件（801.2254公頃）。
