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在醫療機構獎勵方面，衛福部表示，該機構若設置專責病房，每一病室獎勵設置費10萬元，並依據收治個案情形及佔床率給予營運獎勵費，每一病室每月1萬元；營運獎勵費用中，應有5成以上，分配予病房相關工作人員，包含醫事人員、社會工作人員、行政人員及清潔人員。
醫療機構若設置採檢站或防疫門診，每家獎勵設置費20萬元，每月再依採檢案件數，給予最高20萬元獎勵費；其中應有8成以上，分配於相關工作人員，包含急診醫護人員、醫事放射人員、社會工作人員、行政人員及清潔人員等。
醫療機構對於評估後須採檢者，安排轉檢並完成通報，每一案獎勵費用200元；設有採檢站、防疫門診、負壓隔離室（病房），於日間採檢及通報者，每一案獎勵費用500元，其中300元應分配予採檢相關人員；於夜間或假日採檢及通報者，每一案獎勵費用700元，其中500元應分配予採檢相關人員。
衛福部也強調，衛福部部疾管署給付嚴重特殊傳染性肺炎通報個案指定檢驗機構的檢驗費用，每件3000元中至少應有1000元分配予檢驗相關人員。
另針對嚴重特殊傳染性肺炎的重症呼吸器患者，按收治使用呼吸器病人數及使用日數，給予每人每日1萬元獎勵費用，並應全數分配予呼吸治療相關人員。
在辦理防疫工作表現績優獎勵方面，衛福部指出，按其收治疑似或確診病例數、感染管制成效、支援其他機構防疫及其他配合主管機關指派防疫工作表現優良者，發給團體績效獎勵金100萬元至1000萬元，其中一定比例應分配予相關工作人員。
衛福部還表示，醫院醫事及社工人員因配合防疫取消出國補助，也請醫院於30日前，先造冊回覆該部以便匡列預算，當事人則可於今年底前檢具相關證明文件請領費用。
