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不過，交通部官員透露，觀光局主管之子返國以一傳二、造成基層同仁及其幼子染疫的事件，一開始觀光局向外界及指揮中心回報的資訊為「叔姪關係」、接機人員屬自願，甚至還宣稱接機人員是在入境大廳等候；不料，交通部旋即透過內政部移民署及桃機公司徹查，立即查明接機的行為是從機艙門就開始一路接待，沿路都有染疫風險，其後受害同仁更直接透過部長辦公室發出聲明，揭穿「自願接機」的謊言。
官員表示，事發後輿論撻伐觀光局坐視高官公器私用爭議，觀光局不僅未及時出面道歉、徹查滅火，甚至明知是局內主管，還一度對媒體推說是「部會長官」，讓整個政府部門都捲入風暴之中飽受抨擊；政院高層已要求嚴懲，林佳龍在當面請示行政院長蘇貞昌並獲首肯後，為儘速平息輿論之火，才盡速對外說明局長人事調整。
交通部表示，此案所涉的相關責任，目前仍在進行內部調查中，除公器私用的行政責任之外，涉及隱匿疫情、不實通報的部分，如有法律責任，也將進一步轉請有關單位加以釐清咎責。另外，關於立委對於人事安排的臆測，交通部也澄清並非事實。
