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另外，公益董事也不見了。教團指出，原教育部草案第12條規定，「主管機關應加派社會公正人士充任專案輔導學校所 屬學校法人公益董事二人至四人及公益監察人一人，...。」但行政院版本改為「學校法人主管機關應加派該校專任教職員最多三人擔任學校法人董事，...。」等於把公益董事刪除，站在公眾立場的公益董事無法進入學校董事會，自然也失去公眾監督的機制。
不僅如此，教團指出，在教育部草案中明定「學校法人董事會議決議...經前項公益董事、公益監察人表示異議者，非經主管機關核定，其決議不生效力。」用意是避免私校經營者先斬後奏、「先賣先贏」，但政院版卻把此此機制刪除，等於弱化了監督機制，方便私校經營者上下其手。
且行政院版退場條例第24條明定「專案輔導學校所屬學校法人，得於第六條第一項公告之日起算三年內，依私立學校法向學校主管機關或學校法人主管機關申請改制、與其他學校法人或學校合併、停辦所設學校後改辦其他教育、文化或社會福利事業」，此規定和教育部草案所定的輔導未改善，即應全面改派「公益董事、全面停招、隔年停辦，並立即解散執行校產歸公」的結果大相逕庭，因此照政院版條文，若學校被列入專案輔導，就一定會在3年內主動把師生清空，完成改制、合併、停辦並改辦其他事業，就可以規避退場條例的全面公益董事與校產歸公義務。
教團表示，綜整上述的改變，可以發現從教育部草案到行政院公布版本，對於列入專案輔導學校的監督大幅放寬，並且從不允許改制、合併、改辦，變成明示在三 年內要改制、合併、改辦，大開私校經營者的圖利之門。
張旭政痛批，「這中間發生了什麼事情，為什麼有那麼大的轉變？是誰做了這個決定？中間有沒有私校經營者遊說？我們更邀請行政院說明這中間的轉變到底是誰決定的？」，同時全教總與高教工會呼籲朝野立委，應該要好好為全民的教育資源把關，不能任由國家教育資源變成私校經營者的囊中之物。
