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大學法第1條亦明定，大學係在法律規定範圍內享有自治權，基此，對於國立大學校長遴選事宜，教育部、學校及遴委會均須依大學法、教育人員任用條例及校長遴選相關法規審慎執行。教育部的適法性監督，也不會影響大學自治所保障的學術講學、研究自由。
教育部指出，台大臨時校務會議表達出儘速處理校長聘任案的嚴肅期盼，這與目前教育部以符合正當行政程序原則，要求儘速重啟臺大校長遴選程序，所做的努力並無不同。但更重要的是，重啓遴選程序補正瑕疵，能成就遴選公平公正，平息校園紛擾的現象。在台大臨時校務會議表現其自主期待後，應即「依法行政」，督促遴委會依主管機關教育部的意見，處理校長遴選相關事宜。
