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蔡英文同時下達指令，要求國防部配合中央流行疫情指揮中心疫調，在最短時間內完成內部調查，在執行任務的前、中、後是否有所疏失，該檢討的就檢討，該咎責的也不能迴避，公開向社會完整說明，讓國人釋疑。而這次敦睦敦睦艦隊是執行戰訓任務，參與任務的官兵都已經集中檢疫，不論確診與否、症狀為何，國家有責任給予最好的照顧，要國軍不要擔心，也要國軍配合疫調與檢疫措施，共同守護家園。
最後，蔡英文表示，防疫期間，國軍弟兄姊妹投入多項防疫工作，為了因應區域情勢的變化，更是隨時待命、保家衛國。這些得來不易的成果，不容許遭到破壞，「我們共同的敵人是病毒，不是彼此。」蔡英文也要求國防部及其他政府機關「不隱匿」是這次面對疫情最重要的態度。問題已經發生，承擔責任，全力解決，才符合人民對政府的期待。
