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黃國明指出，艦指部4月1日辦理聯勤人員勤前教育，部分人員未與會，也未規劃左營分院支援醫官參加，導致未與會不了解聯檢執行事項，以及聯檢醫官必須詢問航行期間人員就醫狀況、審視個人健康聲明書之要求。支隊長及艦上醫官在聯檢過程中，也未主動向聯檢醫官表明返航過程中，有官兵發燒及嗅覺失靈等症狀。
在懲處方面，共有17人受到懲處，包括海軍司令劉志斌記過一次，陳道輝、高嘉濱、艦指部副參謀長喬志明等3人都遭到記小過2次。調查期間，陳道輝、高嘉濱兩人遭到調離現職，海軍核定兩人於6月16日復職。
羅秉成表示，調查發現最後一道關卡應守住未守住，是防疫破口之所在，這次調查比照司法調查，動員５組共36人，訪談關係人89人次、調集庶務證有73項之多，「看到調查結果很心痛」，國人也不能接受以國軍的紀律與作為為何會發生這種事，所以才有這樣的懲處結果，國軍應該痛定思痛，在這個案子上得到警惕與啟示，也不能因為經驗不夠作為藉口。
羅秉成歸納指出，錯誤第一步是沒有完整規劃返航之後離艦檢疫計畫，3月31日才倉促向衛福部疾病管制署（CDC）口頭詢問，而沒有正式提案詢問與規劃，CDC給的建議是比照遠洋漁船檢疫，但是軍艦跟漁船不一樣，CDC建議也只能供參考，這次敦睦艦隊應該詢問與提案才是完整作為。規劃、執行到監督三連疏，應該苛責指揮官、支隊長沒有落實照顧官兵責任，所以才會核定3名將官遭到記2小過。
羅秉成說，中央流行疫情指揮中心報告指出，敦睦艦隊官兵好在落實個人衛生、消毒措施，疫情才沒如歐美國家海軍一樣大規模擴散，但是「功不抵過」，也慶幸後面招回過程才能把後續疫情控制住。
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