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馬英九辦公室表示，台北市警察局有維護行政院安全的職責，警方驅離群眾是正確的作法，也不需要總統下令。群眾以暴力手段違法在先，卻反控執法者殺人未遂，實為顛倒黑白，踐踏公理。馬英九肯定司法判決，認為有助維護法治，伸張正義。
台北地院的判決書中指出，本案案發地點為行政院院區，屬集會遊行法第6條規定的集會遊行禁制區，陳抗群眾在未經主管機關核准的禁制區內集會，已經是非法集會，且群眾進入行政院院區及中央大樓的過程，並不是全部都採用和平或未使用暴力的方式。
前台北市警察局長黃昇勇到現場查看後，認為行政院是處理國家各項重要行政事務的聯繫及決策機關，為了維持憲法機關正常運作，以及公共秩序、安全之考量下，決定執行勸離、驅離任務，而王卓鈞調派中央警力協助，是屬於合法的行為，並沒有濫用職權。
時任行政院長的江宜樺及時任總統的馬英九，獲悉後都表達認同台北市警察局依法執行勤務立場。黃昇勇指示執行時應符合比例原則，而驅離方式及細節，則由北市警局所屬各分局分局長按照現場狀況決定，並不是由被告馬英九、江宜樺、王卓鈞直接指揮。馬英九等人也沒有向各分區指揮官下達「限時驅離」的命令或給予任何時間壓力的情形。
合議庭認為，驅離任務中雖然有少數員警施用暴力，但是員警多數是來自不同單位、臨時編組，彼此間並不熟悉、臨場反應也不同，所以在因應突發勤務時，本來就難以期待充分預測及掌握這些員警的應變方式，因此無法認定黃昇勇、方仰寧在內的現場指揮官、或協助調派警力支援的王卓鈞、支持北市警局依法執行職務的馬英九、江宜樺能夠事先知道有員警會在這樣大型群眾驅離行動中，對於個別民眾採用違反比例原則的暴力行為。
因此，台北地院合議庭認為，自訴人所提出的證據僅能證明自訴人周榮宗、承受訴訟人鄭運陽等20人、被害人江博緯等15人、參與訴訟人周倪安等2人受有傷害，但仍然不足以證明馬英九等4人下令驅離，因此判決無罪。全案可上訴。
