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我國雖然為海島國家，籌獲潛艦卻是辛苦萬千，海軍首批潛艇來自歐洲，1960年7月，蔣中正總統指示國防部向義大利COS.MO.S公司採購4艘可搭載2人的小型潛爆艇，並自行仿製3艘。7艘小型突擊潛艇於1965年成軍，但是因為該艇續航力不足，難以執行特種作戰，成軍後也無特殊戰蹟，因此只服役9年就除役解散。
1964年海軍又向義大利訂購2艘SX-404型微型潛艦，命名為「武昌計畫」，1969年於左營成軍，分別命名為S-1「海蛟號」、S-2「海龍號」。然而這兩艘武昌艦耐波性不佳，導致運用受限，只服役4年就除役。
水星計畫獲得美軍二戰潛艦
1971年4月，美方同意以有償方式提供我國2艘柴電動力潛艦，以強化我海軍反潛能力。海軍隨即啟動「水星計畫」，派員赴美接受接艦訓練。1973與1974年茄比級海獅、海豹號潛艦返抵左營成軍。
SS-791海獅號原為美軍SS-478 帶魚號、SS-792海豹號原為美軍SS-426 單鰭鱈號，2艘潛艦都是美軍1945年二戰結束前夕服役的潛艦。國軍採購這2艘潛艦卻未採購作戰用魚雷，僅保有佈置水雷的能力。這2艘潛艦服役70年後成為全球現役最資深潛艦，由於遲未能夠籌獲新型潛艦替換，因此海軍司令部從2015年開始，編列近7億元，分3個年度維修預算，委由台船進行海獅號潛艦深度大修。在國造潛艦預計2025年服役之前，海龍與海豹號潛艦仍將擔負訓練潛艦人才、提升國軍反潛能力等用途。
劍龍專案向荷蘭買潛艦
由於海軍2艘茄比級潛艦為美軍二戰末服役潛艦，且缺乏魚雷發射能力，因此時任參謀總長宋長志1979年指示海軍執行「劍龍專案」，向荷蘭採購柴電潛艦。1987年海龍軍艦返國成軍、1988年7月海虎軍艦返國成軍。
海軍最初預定採購6艘，但是最後決定先採購2艘。有一說是因為當時國防預算有限，難以說服其它軍種對經費上的妥協，也有一說是當時海軍對荷蘭製潛艦缺乏信心，因此最後決議先採購2艘、後續4艘視第一批潛艦使用狀況再行決定。不過，荷蘭出售潛艦引發北京不滿，將中荷兩國外交關係由大使級降為代辦級，使得荷蘭國會對後續潛艦採購案持反對態度，後續訂購計畫也就無疾而終。
劍龍級潛艦服役後，成為國軍水下作戰核心戰力，海軍也持續對劍龍級潛艦升級，包括向美採購 UGM-84L 潛射魚叉反艦飛彈、MK 48 Mod 6型重型魚雷。2017年4月，國防部公告荷商 RH Marine Netherlands B.V. 集團已承接「劍龍級潛艦系統裝備介面整合技術協助案」，對2艘主力潛艦實施系統提升性能。
IDS國造潛艦計畫啟動
2001年4月美國小布希總統宣布售台8艘柴電潛艦，但是美國國內早已沒有傳統動力潛艦生產線，僅生產核動力潛艦，美國海軍又不願重開柴電潛艦產線，因此遲未獲得美製潛艦。向其它國家採購潛艦也因為中國反對，沒有國家敢出售。
由於我國未曾生產過潛艦，國防部原本仍堅持外購潛艦，對國造潛艦沒信心，經過一番掙扎與台船爭取後，海軍終於態度放軟，同意國艦國造。蔡英文政府上台後，2016年12月海軍與台船簽約，執行潛艦國造第一階段合約設計與裝備試研製作業，以493.6億元預算打造自製潛艦，經過立院3次秘密專案報告後，海軍選定11月24日動工建造原型艦。
2016年高雄國際海試展中，展出國造潛艦模型，外型類似海軍現役劍龍級潛艦。不過，2019年5月潛艦建造廠房動工典禮中，正式曝光的潛艦模型卻與劍龍級大不同。外型神似日本海上自衛隊蒼龍級潛艦，採用新式潛艦中較為流行的X形尾舵，比傳統的十字形尾舵潛艦具有更高機動性，且尾舵損壞的危險係數更小，更適合在水文複雜海域中潛航。
國造潛艦原型艦並未採用史特林發動機式絕氣推進系統（AIP），將採用國內廠商研製生產的高效能電池。民進黨國防委員會立委王定宇表示，高效能電池動力輸出後的靜音效果，其實比外購AIP系統更佳，日本蒼龍級潛艦也放棄使用AIP系統，改用高效能電池。
由於我國無造潛艦經驗，因此潛艦中的高機敏、我國無法自行製造、需尋求國外商源的所謂「紅區裝備」，包括魚雷、聲納等相關系統都需外國協助，海軍表示均已取得輸出許可。
