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對於遴選期間遭指控擔任台哥大獨立董事卻未對外揭露，管中閔回應，一切都是按照學校規定，學校知情也同意，且任職上市公司獨董按照金管會規矩，公司會對外發出重大訊息通知市場，所以市場、學校都知道獨董一事。
外界質疑為何當初不在遴選校長期間將兼任獨董一事寫入履歷？管中閔表示，當初只提供學術成果跟行政經驗，是根據參選職位需求提出相應資料，如果當初遴選辦法談到擔任獨董一定要寫入履歷，當時就一定會寫。
管中閔表示，對於所有指控都可以不放心上，唯獨遭指控抄襲傷害最深。當初被指控抄襲的文本為「ECFA早收清單效益」，是共同研究者討論用草稿，真正的論文尚未動筆，因為到九月時都還在爭論效益計算方式。換句話說，論文只有試算結果、根本沒有完成，「沒有完成怎麼會有抄襲。」
對於赴中國大陸兼職一事，管中閔回應，受人情之託最常去廈門大學，赴大陸只參加學術會議與專題講座並未擔任任何教職、也未指導學生論文。且赴國外均按照校方請假規定，對於外界指控他公職管制期間也去中國大陸上課，但以當時身份根本無法出境。
管中閔再談到，出境入境資料顯示赴中國大陸平均時間只有四天，時間上根本不足以兼職，有些指控他兼職的大陸大學更是25年只去過一次的地方，指控純屬子虛烏有。
去年12月24日教育部一句「勉予同意」決議發聘管中閔，「所以我也勉予上任。」但之後管中閔再度面臨因公職期間為雜誌撰稿而遭監察院彈劾。
管中閔表示，該刊物同時向多人邀稿，可自己決定是否供稿並無投稿的義務，該刊物更有權利決定何時刊登與是否刊登，僅在刊登時才給稿費。且監察院提供的證物中無法指出哪些稿件出自管中閔之手，「其中三分之二都不是我寫的，監察院自己都認不出來。用各種理由推測我每週寫稿，甚至用陳水扁總統稿費來推測我固定兼職，我怎能跟陳水扁比，我比他高一點！」
監察院指管中閔任職台大時亦兼職，管中閔回應，均屬不定期講座、評審、諮詢，監察院看到有收入就開槍，再「推測」必為兼職。
管中閔再談到，監察院調閱個人約20年報稅資料、逐一清查，只為了正名他真有「違法」，但這段時間內多數時期並非公務員，不屬於監察權行使範圍。特定人士對媒體持續爆料提供他的私人資料共獵巫、炒作，管中閔表示，實在很難相信監察院會秉持公正調查。
今（23）日台大舉行107學年度第二學期第一次校務會議，也是校長管中閔於上任後首次主持校務會議。（圖／記者陳明安攝）