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到了1998年,立院先是通過停建核電廠決議,後續在行政院提出覆議案成功,核四廠於1999年3月17日正式動工。
2000年政黨輪替後,總統陳水扁上任首日便指示「核四再評估」,10月分一邊與在野政黨會談,一邊由行政院長張俊雄宣布核四停工。立院旋即通過移送監委彈劾行政院,行政院也於11月聲請大法官會議釋憲。2001年1月,大法官做出決議,1月31日立院作成立即復工決議。2001年2月14日,行政院宣布核四復工。
由於先前的停工,核四多次追加預算以及延後完工時間,包括2002年,行政院同意延後商轉2年,2005年12月,原能會同意建廠執照延後到2010年12月31日。2011年,由於日本發生福島核災,政府決定對核四進行檢視和補強,商轉日期延至104年。
2013年,由柯一正跟戴立忍等人號召發動「我是人我反核」運動,一時間,反核成為主流趨勢。2014年4月,民進黨前主席林義雄宣布將以無限期絕食的方式呼籲政府停止核四,與先前的反核運動相互呼應。在壓力下,時任行政院長的江宜樺,宣布核四封存,在安檢完成後,不放置燃料棒、不運轉,日後啟用核四,必須經公投決定。經過後續的封存作業,核四廠於2015年7月1日開始進入為期3年的封存狀態。
2017年,在政府「非核家園」的政策下,台電有意拆除核四,並將燃料棒運至美國售出。2018年7月4日,台電將核四第一批80束燃料棒運離廠區。
累積核四的投資總額,約莫是台幣2,736億元,如果再加上後續處理費用,去年3月19日,經濟部長沈榮津表示,核四建廠經費約莫是2,838億元。