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對此，總統府發出新聞稿表示，依憲法增修條文第3條第2項第一款規定，對立法院負責的憲法機關是行政院而非總統府或總統幕僚。府秘書長除於立法院審查總統府預算案及審查總統府主管法案時列席備詢外，不應立法院之邀進行報告，以符憲法規定與憲政慣例。
總統府指出，馬前總統執政時期，前秘書長楊進添就兩公約、廣大興案等事項，曾永權前秘書長就甘比亞斷交案，曾受立院相關委員會邀請，而均依相同憲政慣例、以府函婉復不予列席。
不過總統府也說，雖然基於憲政慣例，總統及府幕僚不必出席委員會，但基於對立法院的尊重，本府委由施克和副秘書長率政風處長至財委會向委員説明。
總統府強調，有關特勤人員涉私菸案，全案已進入司法程序。依照總統府慣例，秘書長不干預軍職人員事務，總統也已經指示國安局邱國正局長主責私菸案的行政調查懲處。
