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針對媒體報導，國防部表示，配合法令修正，已於5月起針對涉密人員境管作法，召開4次執行作業會議，督導中科院依法重新檢討接觸國家機密人員計1,516人，已完成涉密人員檔案上傳，並針對實際參與機密專案人員，調整出入境納管年限，其餘未涉及國家機密人員，則依該院保護營業秘密之內控機制，實施嚴密管制。
國防部強調，對中科院均有嚴密管控機制，並無媒體所述「出國管制出現漏洞」情事。
中科院今（6）日發布新聞稿指出，本院為因應「國家機密保護法」第26條於5月12日修訂公布施行，原涉密人員管制出境從3年以下，延長為最少管制3年之法令，重新辦理涉及國防機密人員清查。
中科院表示，在修訂法令後暨國防部頒「從事涉及國家機密事務人員清查作業」，重新辦理接密人員計1516員，於108年9月24日函送國防部及各軍種辦理核定作業，並賡續依爾後涉密參與實況滾動檢討納管；另本院未涉及國防秘密其餘人員，則依本院保護營業秘密之內控機制，實施嚴密管制。此期間原涉密境管人員無未經申請核准，私自出境或進入大陸地區之脫管情事。
