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此外，根據民進黨黨章規定，蔡英文連任總統後成為當然黨主席。身兼總統與黨主席，不免碰上國政、黨務兩頭忙的情況，據相關人士指出，蔡英文的第二個任期將以國政優先，如此便自然需要一個信任的人來擔任秘書長全力協助；目前前立法院院長蘇嘉全、前行政院副院長林錫耀都是可能人選。
蔡英文第二個任期的重要任務之一，包含修憲，除了公民投票權的下修外，廢不廢考、監兩院也是外界關注的重點。但在修憲門檻極高的情況下，監察院轉型為人權委員會的呼聲相對較高；蔡英文欲借重陳菊的經歷、形象，以及她在黨內的威望，希望陳菊接手監察院的傳聞更不是一天、兩天的事，先前也有媒體爆出陳菊在監委推薦名單之中。
蘇嘉全未來的去向，除了黨秘之外，府秘一職也時常被提出討論。不過，據知情人士表示，到目前為止並沒有相關的具體消息。但他分析，下一任黨秘應該要具備年輕、靈活等特質，才能讓民進黨保持活力與創新，以蘇嘉全的年紀和風格來說，並不全然適合。當然，現在的情況不是蘇嘉全或誰說的算，一來前民進黨秘書長洪耀福也被點名為可能接手府秘；再者，府秘一職會是由陳菊續任，還是另覓人選讓陳菊去轉型監察院，恐怕還是要等蔡英文拿定主意，也要菊姐點頭才算數。
然而親菊人士則說，當初澄清接手監院並不是為了安撫菊系子弟兵的不安，而是認為監院院長的任命權在總統手上，這些繪聲繪影既不尊重蔡英文也不尊重陳菊。但蔡英文究竟是否針對監察院院長一職徵詢過陳菊意見？該名人士則沒有正面回應，僅說任命監察院長是總統職權，現階段不方便說太多。
另外一名新系立委則說，據他所了解的部分，陳菊一開始似乎對於接掌監院的態度比較開放，但後來因為一些子弟兵擔心菊姐去到監察院之後政治影響力會相對減弱，所以讓陳菊的態度一度趨於保守，但他評估若總統有這方面的考量跟需求，那陳菊離開府秘職務、接掌監察院的機率還是比較高一點的。
