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呂秀蓮強調，根據憲法規定，監察院為最高監察機關，針對行政、司法及考試三院及地方政府的行政處分，經審查認為有違法失職時，得提出糾正案；對中央及地方公務人員，認為有失職或違法情事，得提出糾舉或彈劾案；如涉及刑事，應移送法辦。不過很多人反對監察院，是因為其違反「三權分立」的民主憲政常規，但呂秀蓮則強調，「真正的理由是監察院提名不當，表現欠佳，功能不彰」。
呂秀蓮提出朝野對於監察院正副院長人選撻罰的三大要點：總統為何提名「有案可稽」的人擔任監察院正副院長？國民黨反彈的是總統為何不經「黨對黨」協商？以及「民進黨反彈的是副院長人選過去總總違法失職情事。」呂秀蓮強調，憲政體制的監察院，被朝野視為「政黨協商的籌碼」，執政黨則將它視為「政治酬庸的肉餅」。
而針對監察院存廢一事，呂秀蓮則表態不該廢除。「總統及立委諸公多年來都說要廢監察院，為何要將世界各國早已設立，位階高於總統府的『國家人權委員會』設在監察院？」呂秀蓮說，「一旦監察院廢除，國家人權委員會如何自處？文武百官誰來監督？」呂秀蓮也強調，主張廢除監察院的朋友，何不立即啟動相關程序，並勸導被提名者「從善如流」拒絕就任，不然就要嚴格監督下週立法院的同意權審查。
