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最引人注目的農舍事件，應該是2011年，當時蘇嘉全已經和蔡英文搭配競選總統大選。當年9月16日，邱毅爆料蘇嘉全的祖墳建在向政府承租的農牧用地上，有部分甚至占用鄉公所的承租地，邱也爆料蘇嘉全的農舍加蓋違建。雙方經過激烈攻防，蘇嘉全被迫在10月18日召開記者會，宣布把農舍捐給屏東縣長治鄉公所，作為公益使用，這是蘇嘉全最為人熟知的農舍爭議，也為蔡英文一度帶來麻煩。
蘇嘉全的相關爭議，還包括他的妻子洪恆珠。2007年12月12日，時任農委會主委的蘇嘉全被立委費鴻泰質疑主導「農業生技園區管理局組織法」，將他妻子洪恆珠於短短兩年期間，由 9 職等直升為 12 職等，和許多公務員十年左右的歷練相比，出奇的快，而且洪恆珠傳出無生技背景，還是警察系統出身，也能當上管理局副主任。
2011年，蘇嘉全的妻子洪恆珠又被爆料在屏東市廣東路擁有一間違建鐵皮屋，出租給他人從事商業行為，租金收入涉嫌逃漏稅。此消息曝光後，這處違建傳出在隔日立刻被拆除。
蘇嘉全的行事有無黨派之分，也受到檢視。2014年太陽花學運時，蘇嘉全曾在臉書發文支持佔領立法院的學生，他呼籲「希望政府能正視民意，站在人民的立場」。但時隔兩年，2016年11月1日，當時已換民進黨執政，反對一例一休修法的青年如法炮製闖進立法院，佔領民進黨立院黨團總召柯建銘的辦公室，當時為立法院長的蘇嘉全獲知後，指示草擬立法院共同聲明譴責脫序違法行為。蘇嘉全立場前後不一，成為當時民眾閒聊的話題。
如果再加上最近的「蘇嘉全外甥、唐榮鐵工廠前總經理張仲傑被指控涉及弊案」，以及「蘇嘉全、蘇震清叔侄倆，繞過外交部到印尼外交疑雲」，蘇嘉全所引發的爭議可說一大串。言歸正傳，惹出這麼多的爭議，蘇嘉全為何在蔡英文心中的地位，始終屹立不搖？
尤其蔡英文是在2008年民進黨因為陳水扁疑涉貪腐事件，進入政壇最低潮時期接下民進黨主席，當時黨內無人看好蔡英文能在中短期內拉抬民進黨的聲望，黨內大老幾乎沉潛做壁上觀，蘇嘉全是少數能陪蔡英文赴湯蹈火打拚的成員。
蘇嘉全在2009年出任蔡英文黨主席的祕書長，隔年，就配合蔡英文的布局，空降參選台中市長，雖然最後不敵國民黨的胡志強，又於2010年底回鍋，他再度出任蔡英文的黨祕書長，雙方合作至2012年。
在蔡英文決定親自出征2012總統大選，為民進黨執政一搏時，蘇嘉全又成為蔡英文的副總統搭配人選。雖然期間出了農舍爭議，最後敗給馬英九和吳敦義組合，但蔡英文不離不棄，長期以來沒有冷凍、換掉蘇嘉全。
蘇嘉全在2016年以不分區立委之姿進入國會，隨後接任立法院長，成為第一個「非國民黨籍」的國會龍頭，2020年他又轉進總統府接任祕書長，與蔡英文總統再度合作，攜手處理國政。
蘇嘉全後期的政壇之路可說越走越順，官位也越做越大，與蔡英文有絕對關係。即便外界對蘇有不同的看法，即使黨內有人眼紅，各方爆料不斷，只能說蔡英文是蘇嘉全最強、最有力的後台，蘇嘉全也是蔡英文最得力的好幫手。
