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對此，有92.99%的民眾擔心敦睦艦隊成為此次國內防治新冠肺炎疫情的破口，另外，經過初步疫調，指揮中心認為此次敦睦艦隊疫情可能傳染源來自本土，對此，也有90.61%的民眾擔心這也意味者社會上可能潛藏無症狀的新冠肺炎病患。
另一方面，經過指揮中心初步疫調及國防部公布相關資料顯示，敦睦艦隊4月9日停靠海軍左營軍港，4月15日就讓艦上官兵放假返家，自4月15日到指揮中心宣布確診的18日之間，全艦官兵遍布全台各地趴趴走，並未依照指揮中心規定，入境者應居家健康管理14天，有85.37%的民眾認為，國防部及海軍應有人為此負責。但也有9.7%的民眾認為，專責疫情防治的中央流行疫情指揮中心，應該為此負責。
有鑑於新冠肺炎疫情的嚴重性，以及軍隊內部可能有士官兵是無症狀或未通報採檢的可能感染者，有55.54%的民眾認為，應針對國軍內部進行普篩以確保國軍戰力無損，也有42.45%的民眾認為，這個問題應交由防疫專業判斷後再決定。
另外，由於此次中央流行疫情指揮中心將確診艦隊官兵確診前的足跡，交由各縣市政府負責公布，也造成各縣市疫情及公布不同步的情況，對此，有66.06%民眾認為，類似情況應由中央統一公布確診前足跡，以確保民眾能夠對疫情有足夠掌控。在此同時，也有28.76%的民眾認同指揮中心的決策，認為確診前足跡由各縣市政府公布即可。
參與本次《NOWnews今日新聞》線上時事問卷的民眾有4,134人，由於並非嚴格意義的民調，僅能代表線上網友一部分的意見，相對來說仍有一定程度的參考價值。
