尼莎及海棠颱風所帶來的驚人雨量，造成台灣南部地區多處淹水，為加速協助屏東及台南等淹水地區退水，經濟部水利署緊急馳援 32 部大型抽水機及太空包至屏東及台南，協助淹水地區退水，並務求讓災害的影響降至最低。
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水利署指出，第七河川局緊急支援 17 台大型抽水機，分別布置林邊鄉 3 台，佳冬鄉 9 台，東港鎮 5 台。另外第四河川局及第五河川局也分別各支援 4 台，分別支援林邊鄉 7 台，枋寮鄉 1 台，加速淹水地區退水。
另外，台南方面，第六河川局調派 7 台大型抽水機及太空包協助台南市政府，這 7 部大型移動式抽水機，2 部布置於學甲區學甲工業區、2 部布置在麻豆區小埤里，3 部分別布置於安定區中榮里、麻豆區苓子林部落、永康區廣善護理之家等地，協助地方政府進行抽水作業。另外也調用太空包協助封堵港尾溝溪排水上游土堤溢淹，以減少致災狀況發生。