教育部 27 日「拔管」後，全教總直批吳茂昆不適任教育部長，並稱有「三不策略」，私立大學院校協進會以及國立大學校院協會，也相繼發出聲明要捍衛大學自治，對此，吳茂昆今（30）日表示，願意和他們當面聊聊。
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全教總表示，為了台灣教育的長遠發展及孩子的未來，將發起「不接受、不忍受、不配合」的「 3 不運動」，直到吳茂昆下台為止。吳茂昆說，「不曉得為什麼他們覺得我不適任」，願意和全教總面對面談，把事情釐清，這件事情變成一個政治事件，很不應該。
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吳茂昆也表示，已經請人安排自己和私立大學院校協進會，以及國立大學校院協會面對面談談；他強調，大學遴選辦法真的要好好檢討，其中迴避原則是需要大幅度修正的，因為用的是公務員迴避三等親、師生迴避等觀念，但公、教體系本就不同，用同樣標準是很大的問題。
至於針對國民黨立委柯志恩爆料，吳茂昆早在 4 月 10 日就以「院士」身分出席教育部首次跨部會諮詢會議參與討論，早就是「拔管」黑手，吳茂昆說，他確實有出席，教育部當時找他來，是因為他對學術方面的基本運作相當熟悉，也沒預料到之後會接下教育部長的重擔，「因為第一次開完會我就出國去了，沒預料會出席第二次會議」。