總統蔡英文昨才力挺北農總經理吳音寧，要求農委會應有人協助吳音寧面對政治攻防，農委會副主委陳吉仲今（ 7 ）日針對北市府派人到北農查帳表示，就一家公司的治理上，有沒有符合相關規定，「這是打一個很大的問號」，暗指台北市長柯文哲派員赴北農查帳違法。
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陳吉仲表示，一個公司裡面，是政府的政風單位，可以到一家公司這樣查嗎？有沒有違反相關的公司法？甚至他的監察人，是獨立監察人，獨立監察人可以受到所謂的市長的指示，再請其他相關單位，到一家「民營公司」去做這樣的查帳，有沒有符合相關公司法的規定，這有很大討論空間。
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對此，北市府政風處澄清說，北農案因受各界矚目，為儘速瞭解並釐清事實真相，柯市長於日前指示本府派任北農監察人及相關監督機關瞭解，並責由政風處協助配合。
政風處表示，接獲柯市長指示後，為協助相關權責局處充分執行適法性的監督，並回應巿長於議會接受議員質詢，指市府應監督官派董監事公允之要求，即由本府派任北農監察人主查帳目，政風處是依權責，配合協助監察人釐清事實偕同出席，以使本案在公平公正狀況下順利調查。