遠東航空 12 日公告停飛，但董事長張綱維 13 日開記者會說公告是「一場烏龍」，營運一切正常，同日也向民行局遞送陳述意見書，希望可以盡快復飛，不過民航局認為，無預警停飛的事實已造成，後續將依民航法處置。交通部長林佳龍今（ 16 ）日表示，遠航停飛的事實短時內不會改變，暫停營業只是遠航一相情願的說法。
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交通部長林佳龍表示，民航局已針對遠東航空停飛進行裁罰，至於是否營業許可證仍在聽取陳述意見，就目前了解，遠航仍一廂情願認為只是暫停營業，顯然未對停飛造成的損害負起責任。
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林佳龍說，遠航要申請復飛也必須經過嚴謹的程序，停飛的事實在短期內不會改變，現在不只是財務問題，整個公司治理也出狀況，董事長兼總經理、又是財務長，因心情不好關機讓整個公司運轉失控，很難保未來會不會再犯，此事涉及飛安，非個人或黨派的問題，民航局將嚴謹地聽取遠航陳述，若無法說服民航局，遠航停飛事實就會導致進一步廢止營運許可。
針對因遠航無預警停飛受到滯留的旅客，林佳龍指出，滯留在海外的 500 多位旅客，昨日已完成輸運，同時交通部協調立榮、華信航空增開班次，放大機型，協助疏運國內航線旅客，軍方也有規畫相關疏運措施。