武漢肺炎蔓延，繼華航集團後，長榮及立榮航空也宣布採取嚴格防疫措施，其中1月28日起往返兩岸及港、澳航線，必要的服務用品如耳機、頭墊布、餐巾均採用一次性拋棄式的產品，毛巾、報章雜誌、桌布、酒菜單將取消提供；毛毯及枕頭則正常裝載但不主動提供，一旦經使用後就會立即清洗及消毒。
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在餐點的部分，因為製程關係，自28日下午4時以後由台灣出發的航班，各艙等均改為一次性的冷餐及飲料，特別餐僅提供素食餐，網路選餐也同步取消，免稅品則僅接受網路預購。
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在國內線的部分，立榮航空自1月28日起，也將暫停提供毛毯的服務。
另因應疫情的衝擊，長榮、立榮航空2月1日至16日往返兩岸部分航班將會取消，並將陸續於官網公告，也會視疫情發展機動調整，最新航班異動資訊，旅客出發前，可至長榮航空官網或EVA Mobile APP查詢。