為全面提昇整體行車安全，台鐵與國家中山科學研究院（中科院）開發列車「限速備援系統」，當列車於 ATP 列車自動保護系統關閉時，該系統會將列車速度限制在 60 公里以下，目前已於普悠瑪號列車試裝 1 套，預計年底前完成普悠瑪及太魯閣號列車 52 套系統安裝。
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台鐵普悠瑪列車 2018 年發生翻覆意外，造成多人傷亡，令外界對台鐵列車安全產生疑慮。台鐵表示，普悠瑪事件後，除了制度面的檢討與改善之外，也依據行政院總體檢報告之「增加 ATP 隔離後之限速功能」建議，與中科院合作開發限速備援系統，主要功能是讓列車在 ATP 隔離後，透過限速備援系統將列車速度限制在 60 公里以下，以確保行車安全。
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台鐵局長張政源指出，年底前優先於普悠瑪及太魯閣號安裝限速備援系統，未來 PP 自強號列車也會安裝，主要城際運輸車種都會陸續裝設。至於普悠瑪雙人乘務規定是否會取消？張政源說，會等到實際全數安裝完成後，再來檢討雙人乘務機制。
限速備援系統是否會像 ATP 可以手動關閉？台鐵機務處副處長鄭國璽補充，未來會針對限速備援系統訂定管理辦法，若要手動關閉限速備援系統將會有嚴格規範，像是會考慮加上鉛封，只要有人動過就會發現。