目前澎湖移工總數約3,058人，其中產業移工2,081人、社福移工977人，印尼籍移工2694人（佔88％最高），菲律賓與越南移工只有364人，針對台灣本島近期出現移工在集中檢疫期滿採檢陰性，但後續自主健康管理期間卻反呈陽性一事，澎湖縣政府要求12月16日起，所有移工在集中檢疫期滿後，均須繼續在臺灣本島完成7天自主健康管理，並經檢驗陰性後始能入境澎湖，縣府將補助核酸檢驗費及在台自主健康管理期間每日最高1千元住宿費。
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▲衛生局長蕭靜蓉表示，仲介公司及雇主應在移工完成14日集中檢疫及居家檢疫期滿後，在臺灣本島再進行7日自主健康管理，確認為陰性後才能進入澎湖。（圖／記者張塵攝，2020.12.20）衛生局長蕭靜蓉表示，配合澎湖最新防疫政策，仲介公司及雇主應在移工完成14日集中檢疫及居家檢疫期滿後，在臺灣本島再進行7日自主健康管理，並在自主健康管理的第5天後實施核酸檢測，確認為陰性後才能進入澎湖。
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▲縣府將動用第二預備金補助相關費用，其中核酸檢驗費用補助由衛生局受理，每案最高補助金額新台幣7,000元。（圖／記者張塵攝，2020.12.20）澎湖縣政府表示，縣府將動用第二預備金補助相關費用，其中核酸檢驗費用補助由衛生局受理，每案最高補助金額新台幣7,000元，憑收據正本實際支付金額補助，申請期限自即日起至110年1月5日止，申請表請洽詢衛生局提供；至於住宿費用補助部分由社會處辦理，每日最高補助1,000元，相關資訊請洽詢外籍移工諮詢服務中心。
衛生局表示，為掌握移工於及落實移工生活照顧，雇主及仲介公司應配合辦理下列措施：1.雇主或仲介公司應於移工入境登錄檢疫作業時，同時於入出國移工機場關懷服務網，登錄移工自主健康管理地點(如雇主工作地、仲介公司安置處所等)，以利掌握移工行蹤及地方政府進行實地關懷。2.自主健康管理期間應盡量一人一室。如有困難者，應保持1.5公尺距離，配戴口罩、落實消毒作業。