由於淡江大學在校務會議上修改「教師聘任待遇服務辦法」，縮短借調年限，且立即生效，總統府方面表示，國安會副秘書長陳文政為配合淡江大學修改借調年限，由於借調期已滿，所以請辭教職。
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媒體報導，淡江大學日前在校務會議上無預警通過修改「教師聘任待遇服務辦法」，借調公職或大專校（院）校長，由目前每次借調4年、合計不得超過8年，改為1任或4年為限，期限大幅縮短，而且立即適用，沒有緩衝期，專任教師經借調期滿而未歸建者，視同辭職。
針對媒體報導，總統府發言人張惇涵轉述陳文政談話表示，「名位不重要，會堅持完成振興國軍的初衷。」
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陳文政具有英國蘭開斯特大學國際關係與政治系博士學歷，陳水扁政府第二任期，陳文政曾擔任國安會諮詢委員，2011年獲聘用淡江大學國際事務與戰略研究所助理教授，2016年借調擔任國安會副秘書長。近年來，為因應少子化，淡大校方推動系所合併，有意將戰略所與其他系所合併，但是陳文政卻與校方抱持不同意見。