新竹市長高虹安被控立委任內涉嫌詐領助理費11萬多元，一審判刑7年4月，上訴高院改判無罪，前立委邱毅指出，意味著高虹安可以順利復職，也為她參選明年的新竹市長鋪平道路，預估連任勝率在八成以上，他直言高虹安案件根本小題大作，是標準的民進黨羅織入罪手法。
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邱毅強調，高虹安案本質上是一起冤案，雖然最終判決大致還了當事人清白，但高虹安多年來遭受司法折騰，不僅政治前途和聲譽盡毀，更曾被媒體群起攻擊，淪為過街老鼠。他質問，期間所遭受的聲譽和政治損失，應由誰來賠償和彌補？媒體當時的起鬨、將高虹安描述為慣老闆，讓她承擔了不必要的代價。
邱毅進一步提出京華城案，認為柯文哲的案件，同樣是賴清德政府利用司法檢調追殺的案例。柯文哲案缺乏金流和證據，仍遭起訴求刑28年6個月。並批評特定媒體替檢方放話，導致柯文哲夫婦被醜化成萬惡不赦的貪污犯，連替他們說話的人也受到牽連。
柯文哲案即將宣判一審結果，邱毅呼籲承審法官秉持司法良心和專業審理，還柯文哲清白，即使立法院通過庭審要直播，法官最終也只敢折衷做半套，顯示承審法官身處政治壓力下的困難處境，期盼法官能頂住壓力，不受政治干預。
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