馬英九辦公室近日爆出疑似解職與切割前執行長蕭旭岑、王光慈，因2人都是長年跟在馬英九旁邊的人，在解職事件後，不少媒體也爆料馬辦爆發派系鬥爭，馬英九的「重量級親信」回鍋整頓，因此引發議論。《鏡周刊》今（24）日揭露，該重量級親信就是金溥聰，他甚至在馬辦新春團拜儀式當天持馬英九委任書帶隊衝進馬辦，要求蕭旭岑、王光慈即刻辭職離開，雙方爆發衝突，馬英九一度到場，卻不發一語，蕭旭岑、王光慈才同意離開。
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《鏡周刊》今報導指出，馬辦的人事異動衝突發生在2月25日上午新春團拜儀式前，金溥聰和前隨扈、律師、電腦人員共4人現身在基金會，試圖進入王光慈辦公室卻受阻，王光慈和前隨扈發生拉扯，甚至情緒激動地尖叫：「你弄紅我的手了」，在辦公室引起騷動，蕭旭岑聞聲而至，也吸引前董事高華柱介入處理，馬英九本人一度也到場查看。
據報導，金溥聰聲稱持有馬英九親筆簽名的委任書，當場指控蕭旭岑、王光慈處理基金會事務「有瑕疵」，其中包括外界傳言的王光慈接任執行長一職之任命案及調薪等，要求2人即刻解職，但雙方僵持不下。
《鏡周刊》指出，就在兩派人馬衝突之時，除基金會當時的董事之一、前國防部長高華柱介入調停，馬英九也到場，但並未表示任何意見，僅環顧四周、聽金溥聰發言，隨後更直接轉身離開會議室。蕭旭岑見狀似乎了然大勢已去，決定妥協離開，但卻表示這並非承認他和王光慈有涉及不法，而是相信高華柱會好好處理後續，才讓近1小時的僵持告終。
《鏡周刊》更揭露，在雙方爭執過程中，高華柱幾度保證：「你們若即刻辭職，事件就到此為止，不會再擴大」，事後高華柱也向蕭旭岑表示：「你受委屈了」。然而，值得注意的是，高華柱一陣子後也傳出和金溥聰「意見相左」，故決定卸下代理執行長和董事的職務。
在這場人事風波後，根據《鏡周刊》報導，馬英九和高華柱逐一打電話給董事們告知這件事，並希望獲得董事們的支持，不過，其中有人替蕭旭岑、王光慈抱屈，認為2人跟隨馬英九那麼久了，當中一定有誤會；另有董事也反過來質疑金溥聰的立場和身分，金溥聰則回應他並非自作主張，而是有獲得馬英九的授權。
蕭旭岑始終軟回應 最新表示：祝福基金會繼續努力
在這場人事風波爆出後，外界紛紛傳言馬英九基金會是切割、清洗、整頓，甚至派系鬥爭等，而蕭旭岑的回應內容始終不離：「感謝馬前總統的栽培，永遠感念」的心情。
在《鏡周刊》今日報導刊出後，他也第一時間發文表示：「我祝福馬英九基金會未來繼續努力，為馬英九總統以及兩岸交流加油。」他並提到：「我對馬總統感念與感謝，他對我有恩，因此即便我可能會遭受一些誤解，我也要維護馬總統以及馬家人。」
蕭旭岑也嚴正提到：「如果針對我個人的操守繼續抹黑或不實指控，我一定捍衛到底。任何想要破壞兩岸和平與兩岸青年交流的惡勢力，我一定堅決對抗到底。」