國安會前秘書長金溥聰捲入馬英九基金會人事風波，更遭到前立委邱毅指控，稱其利用馬英九失智、蕭旭岑為箭靶，將此事檢調司法化。針對邱毅的指控，金溥聰也憤而喊告，今（31日）上午至刑事局提告，強調等調查報告出來時，真相一定會大白，他說：「讓證據說話，是否公正也可以出來接受檢驗！」而被問到提告對象是否包含邱毅時，金溥聰則露出微笑喊：「邱毅的事我不需回應！」表示兩人過去早有一個案子，目前仍在審理中，可以把新的資料加進去。
金溥聰昨（30日）表示，近日媒體及網路上有許多不實報導及傳言，忍無可忍決定訴諸法律，於今（31日）在在律師陪同下前往刑事局提告。他透露，有人在線上影音分享平台YouTube惡意製作一則AI生成影片，其內容刻意扭曲、荒誕不實、惡意抹黑攻擊，嚴重損害其名譽，絕不再姑息。另也將對邱毅先生近日對他發表的不實攻擊言論，採取法律行動，一併提告。
對此，邱毅也忍不住大酸：「聽媒體說，金小刀要告我，說我指他利用馬英九。這是不實言論嗎？」更稱金溥聰屢戰屢敗的勇氣值得肯定，「但是這次你敢告，我一定反告你誣告。」今（31日）邱毅再度發文，表示準備告發金溥聰強制罪，提到金溥聰涉犯強制罪很明顯，金小刀拿著馬英九委託書強闖基金會，強逼蕭旭岑、王光慈打包走人，期間並發生肢體衝突，已明顯違法。」