國民黨立委王鴻薇今（7）日提出質疑，中選會建置的「全國性公民投票電子連署系統」自2018年起每年編列預算進行維護，但建置至今長達8年，實際運作卻幾近於零。王鴻薇指出，該系統雖在今年4月10日趕忙上線，但民眾實際進入網頁卻發現內容陽春、甚至一片空白；此外，罷免案的電子連署系統更是至今仍未上線，批評中選會行政效率怠慢。對此，中選會發布聲明澄清，強調該系統運作情形良好，且已有超過40萬人次使用，絕對沒有浪費公帑。
中選會說明，全國性公投電子連署系統自113年4月10日上線後，確實有在發揮功能。以114年為例，中選會受理了包括「廢止憲法訴訟法門檻」、「廢止罷免提議需附身分證影本」、「廢止罷免連署需附身分證影本」以及「廢止罷免偽造需另科罰金」等4項全國性公投案，這4案皆已進入徵求連署階段。根據各提案領銜人自行公開的統計數據，採取電子連署的人數總計已突破40萬人次，僅是因為最後連署總數未達到法定門檻，才沒有向中選會正式遞交名冊，並非系統無人使用。
王鴻薇指控預算流向與系統成效不符，中選會強調，自2018年公投法修正賦予法源依據後，便積極辦理系統建置、資安防護檢測、系統穩定性測試以及雲端資料中心租用等必要作業，這一切都是為了落實執行法定義務。至於外界質疑資訊揭露不足，中選會解釋，所有關於公投的提案受理情形、操作說明、法規、聽證會及投票結果，都已即時公開在官網的「全國性公民投票專區」中；而地方性的台北市公投系統則因適用範圍與全國系統不同，且目前尚無案子進入連署期，才會產生「資訊空白」的誤解。