馬英九基金會近日深陷財務風暴，國安會前秘書長金溥聰日前公開基金會前執行長，現任國民黨副主席蕭旭岑與台商「手捧百萬現金」的合照，質疑這筆帳目並未出現在基金會的入帳記錄，文化局要求基金會應召開董事會進行釐清，蕭旭岑今（28）日表示，馬前總統是非常依法行政的人，呼籲基金會盡快召開董事會。
主管機關新北市文化局表示，馬英九基金會是依法設立的財團法人，財務、會計及捐款收支，本就應依照財團法人法及相關規定辦理。蕭旭岑面對媒體提問強調，現階段包含三人調查小組的報告，應該盡快公布，才能還他公道與清白。至於外界其他不是基金會董事會成員所做的評論或動作，他則認為不適宜再做出回應，一切應該回到法律程序來處理。
除了財務風波，與美國智庫的會面，是否受到影響而生變？蕭旭岑則對此澄清，這完全是一場烏龍，與美國智庫學者的會面從頭到尾都已經排定好，並沒有因為任何事情而取消。他透露，這應該只是聯繫過程中的一些小小誤解，國際部也已經公開發表聲明，後續將會如期與該位學者會面。