審計部報告指出，台灣好行搭乘人數跟路線逐年增加，但整體搭乘率仍未達六成，但部分線搭乘率未見顯著提升且營運效能欠佳，更有電動車輛導入、碳盤查及 ESG揭露機制不健全等疑慮。交通部觀光署指出，目前希望將優質路線提升，其餘陸續會檢討並主要透過兩種方式退場。台灣好行有3路線今年已經退場，並籌劃新增白沙屯媽祖線。
審計部報告顯示，台灣好行110至114年搭乘率都未超過六成，比疫情前還要低，其中西濱快線等9路線更是有連五年搭乘率不到25%，瑞龍瀑布線更是從未超過10%。
今年取消3線並規劃新增白沙屯媽祖線
觀光署114年度撥補2.25億元給台灣好行景點接駁公車；今年共核定92條路線涵蓋北中南東以及離島地區，不過斗六竹山、故宮南院，以及西濱快線今年取消，而搭配苗栗高鐵站以及宗教觀光正籌劃新增「白沙屯媽祖線」。
觀光署指出，今年4月兩度辦理路線營運績效檢討與改善會議，針對搭乘人次及承載率未達規定門檻的路線，將會同相關主管機關辦理營運績效檢與改善作業。另一方面，積極推動國際觀光路線升級，包含金瓜石、北海岸、阿里山、日月潭及墾丁快線等。
輔導轉為市區客運或依評比退場
目前退場方式主要兩種，一個是針對服務當地居民通勤、就醫等日常需求的輔導轉為市區客運，改由縣市補助；一個則是透過年度評比機制，針對連續兩年被評定為「丙等」（最低）的路線啟動退場輔導，若輔導後載客率仍低將會要求業者減班，或是與其他市區客運整併，甚至停止補助。