台積電共諜案爆發後，涉案核心人物丁小琥、張志煒、何聖影相繼病逝，讓外界再度聯想起至今仍疑點重重的「尹清楓命案」。30多年前，海軍前上校尹清楓在督辦「拉法葉軍購案」期間離奇身亡，外界普遍認為是因擋人財路才遭到滅口。前總統陳水扁今（30）日回憶這段往事，坦言這是他從政最大的遺憾，同時也強調說：「不是阿扁不敢辦，而是最高檢的特調組辦不出來。」
陳水扁表示，有關尹清楓命案及其衍生軍購弊案，阿扁在競選台北市長前，還爭取擔任立法院國防委員會召集人，主導召開8次專案報告，礙於立法委員沒有司法調查權，只知道涉案層級很高，而且不只一人，但關鍵錄音帶都被滅證、消磁了。
陳水扁昔宣示「尹清楓命案」：即使動搖國本，也要偵辦到底
陳水扁回顧，2000年7月31日，他在總統府責由最高檢檢察長盧仁發成立「特別調查小組」並親任召集人，由軍警檢調聯合偵辦，政府全力提供必要人力、物力，要人有人、要錢有錢。2000年8月14日阿扁出訪邦交國多明尼加，公開宣示尹清楓命案「即使動搖國本，也要偵辦到底」。
「阿扁從未放棄或反對或不敢偵辦該案！」陳水扁強調，期間前總統李登輝、前總長郝柏村等高層都曾被約談，但因自己是總統，不是檢察總長也不是檢察官，無權介入或指揮刑案的偵辦，最後的發展是辦不出來。誰是尹清楓之死的兇手？又跟哪件軍購弊案有關？海測艦？獵雷艦？拉法葉艦？如今仍成為「隱案」，也是阿扁從政的最大遺憾。
陳水扁續指，後來他指示國防部，從法方及軍火商違反拉法葉艦軍購合約排佣條款的民事追償著手，下令軍方花大錢聘請國際大律師，大打國際仲裁官司，纏訟10年，最後為國家要回來11億加上253億元，總算無愧於心！