新冠疫情期間，慈濟基金會喊話政府要採購BNT疫苗給民眾施打。但時任中央疫情指揮中心指揮官的陳時中也多次提醒，BNT僅會賣給政府；但國民黨、民眾黨等批評政府擋疫苗。如今也被證實慈濟是遭律師詐騙10.6億。而陳時中今（7）日回應，當初對於執政團隊、防疫團隊極盡抹黑、不實指控的人「應對社會有所道歉。」
疫情期間，因台灣陷入疫苗恐懼，慈濟基金會多次喊話，希望可以採購BNT疫苗給民眾施打。慈濟證嚴法師甚至與時任總統的蔡英文進行視訊，盼與政府進行具體討論，早日取得疫苗。如今檢調調查，律師陳昱瑄、疫苗掮客李易儒2021年間以採購BNT疫苗為由，誆騙慈濟超過10億元委任費。
當時飽受在野黨攻擊「政府阻擋買疫苗」的陳時中，擔任指揮官時就多次提醒，不要隨意相信疫苗掮客，因為BNT疫苗只跟政府合作。而慈濟不幸被詐騙一事，陳時中今日在「第三屆高齡健康產業博覽會」開幕典禮前，接受媒體聯訪時表示「防疫對國家社會事相當重大的事情，當初選舉為了利益，對執政團隊或防疫團隊極盡抹黑，現在真相大白，「當初做出不實指控的人，應該對社會有所道歉。」
陳時中：慈濟也是受害者 應對詐騙予以譴責
陳時中說，相對而言，要譴責的是詐騙者，慈濟本身是受害者，要對詐騙者予以譴責，同時，針對抹黑、不實指控更要予以譴責，而慈濟是受害者，司法也會調查得更清楚。
陳時中直指，疫情期間整個社會都相當恐慌，對於疫苗需求孔急，但詐騙往往是在大家心裡最脆弱的時候入侵，因此在困難的時候，更要特別注意詐騙行為。他說，當初大家急著想買疫苗，但是有很多國際規則、疫苗使用，個人或單獨團體事相當困難與總公司進行疫苗取得。
陳時中說，自己當時也不斷提醒，只要是先拿訂金、卻拿不出出貨證明，就可能是詐騙，政府也收到相當多相關的詐騙行為，更一一拒絕、澄清，卻也導致後來選舉造成非常多虛假及抹黑「我還是覺得非常遺憾。」