馬來西亞周一（20日）召見北韓駐馬來西亞大使，說明金正男遇刺案馬國政府的立場。平壤當局則對事發後馬國的態度表示憤怒，稱藉著指控5名北韓人涉案來影射北韓主導這次暗殺，是馬國和「敵對勢力」企圖損害北韓聲譽的陰謀。
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綜合外媒報導，馬來西亞外交部負責雙邊事務的副部長阿貝丁（Raja Nushirwan Zainal Abidin）召見了北韓駐馬來西亞大使姜哲（Kang Chol），與會的還有東亞部副部長、北韓事務專家西瓦古魯納坦（Datuk Ganeson Sivagurunathan）。雙方就姜哲日前指控馬國不歸還遺體，與敵對勢力勾結一事說明馬國立場。
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馬來西亞外交部發表聲明說，因為死亡事件是發生在馬來西亞，政府有責任進行調查以確認死亡原因。消息人士告訴新加坡《海峽時報》的記者，他們（指馬國政府）對於姜哲的指控感到不滿，因為這是一起謀殺案，他們必須要尊重馬來西亞的刑事訴訟程序，而且只有金正男的家屬可以要求取回遺體。
馬來西亞駐平壤大使也被緊急召回吉隆坡探討此案，而外交部副部長阿貝丁會談後也發表聲明說，馬來西亞政府對此案非常認真，並沒有任和根據能證明我們企圖誣蔑北韓的聲譽。警方目前已經逮捕4人，另有4名北韓籍涉案男子在逃，目前正尋求國際刑警組織的協助。