嘉義地區下午5點22分發生芮氏規模5.2強震，台灣高鐵啟動嘉義至台南區間災害告警系統，為免影響運輸與旅客安全，一度暫停運轉，經派員確認安全無虞後，恢復運行，其間受影響車次旅客未經使用的車票，可於一年內全額退費。
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台灣高鐵表示，受今（20）日17時22分嘉義地區規模5.2強震影響，由於系統測得最大強度達207Gals（地表加速度），為確保營運及旅客安全，嘉義至台南區間一度暫停運轉，經派員緊急應變，於18時45分完成巡檢，確認設施、結構安全，且固定設施及土木設施外觀及結構均不受影響後，各列車自低速逐步提速，已經恢復正常運行。
高鐵公司指出， 受地震影響，造成行程延誤或無法搭乘原預定車次之旅客，相關退費及退票規定，因地震屬天然災害，非可歸責本公司，不適用延遲退費之規定；如購買因地震影響之車次，若車票未經使用，旅客可自原乘車日起一年內，持原車票至各車站售票口辦理全額退票，免收手續費。