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許朝程提醒，民眾進入游泳池、溫泉等戲水時，應遵守「脫鞋→淋浴→浸腳（洗腳池）→入池」的步驟，相關業者須設有淋浴區，備有淋浴或沖洗的設備，提供民眾入池前沖淨身體及腳趾；另建議業者於入池前設有涉水池（洗腳池），以流動循環式為原則，每日至少內外刷洗換水一次外，溫泉、泳池等業者平時應落實營業衛生自主管理、水質定期消毒更換，及清潔泳池內外環境。
台北市立聯合醫院昆明防治中心主任顏慕庸說，微孢子蟲種類高達1500種以上，是一種新興的傳染病，一般正常人的免疫力可避免感染，但愛滋病會造成免疫力的下降，導致感染微孢子蟲的案例增加；此外，通常治療微孢子蟲的療程約一至二週即可痊癒，另罹患微孢子蟲角膜的民眾，若不即時的治療，最嚴重者恐會失明，民眾不可不慎。
顏慕庸表示，尤其在暴雨或土石流後的環境，是最易存在微生物，民眾碰觸污泥或到游泳池戲水，若未注意個人的衛生清潔，可能增加微孢子蟲的感染機率外，事前點眼藥水是沒有實質的幫助，最好預防的方式是避免眼睛黏膜直接暴露在水中，加強管理泳池的衛生清潔；此外，微孢子蟲的感染途徑是水或土壤，但不會是人跟人的傳染，只要即時就醫，治療一至二週後都能痊癒。
衛生局疾管科長許玉芬說明，每年會針對相關的業者進行水質檢驗查核、輔導及教育訓練，但水中微生物種類繁多，伺機感染人體致病，除提醒民眾於泡溫泉、戲水或戴隱形眼鏡後，如出現眼睛紅腫、發癢、刺痛的症狀應儘速就醫外；預防微孢子蟲角膜炎，應注意避免眼睛及傷口直接接觸土壤及汙水，如民眾出現眼睛腫痛等症狀，應儘速就醫並主動告知醫師土壤及汙水接觸史，以利治療。
